2007年，地球基础科学出现了异常的扰动，科学界人心惶惶。离奇自杀的科学家，近乎神迹的倒计时，行事隐秘的科学边界，神秘莫测的三体游戏……纳米科学家汪淼被警官史强带到联合作战中心，并潜入“科学边界”组织协助调查，在调查过程中，汪淼和史强接触到一个名为ETO的组织，并发现三体游戏的秘密，竟是两个文明为了生存空间，孤注一掷的生死相逐，在众人的共同努力下，汪淼、史强等人坚定信念、重燃希望，带领大家准备一起面对即将来临的人类危机。
“鬼船”入港，上司为明哲保身而欲以“水匪之乱”草草结案，狄仁杰却隐隐觉得事情蹊跷。大典在即，长安城人心惶惶，皇后命大理寺座沈铭三日之内结案，沈铭只好将破案压力给到狄仁杰。都水监长官冷霁月也加入其中，在案发“鬼船”上又遇见旧识段言。此三人前往长安情报中心“下城”，获得情报。一路探究，连翻长安地下两大势力终于找到秘密所藏之处——云窟。狄仁杰等人进去古陵云窟，连破机关陷阱，陷入绝境之中，狄仁杰依靠土层辨识找到出路，终于突破阳墓找到怀王与大月之遗族饲养龙鳌的阴墓。真相渐渐浮出水面，大典在即，各股黑暗势力伺机而动，
